当協議会は、最高決議機関である総会、業務執行機関である理事会、および、テーマごとに設けられた委員会によって運営されています。また、正会員は、東地区大学・短期大学図書館、西地区大学・短期大学図書館、専門・公共図書館部会のいずれかに所属し、館の種類や地域ごとの問題点を共有しながら情報交換が行える体制をとっています。
・総会
・役員
理事長（理事長館館長）
副理事長（副理事長館館長）
・役員館
理事会
理事長館
副理事長館
理事館
監事館
・部会
東地区 大学・短期大学図書館部会
西地区 大学・短期大学図書館部会
専門・公共図書館部会
・委員会
運営委員会
相互協力委員会
広報委員会
著作権委員会（活動休止中）